更为不幸的是，当天还有大雾，当黄盖带领二十余艘船只前来“投降”时，曹操根本看不清船头的士兵乃是稻草扎成的，而且船上洒满了硫磺，当他看清真相时为时已晚，烈火顺风冲进曹军绑在一起军营中，立刻就让曹军乱了阵角。《三国志·江表传》记载:“时东南风急，因以十舰最著前，中江举帆，盖举火白诸校，使众兵齐声大叫曰:‘降焉！’操军人皆出营立观。去北军二里馀，同时发火，火烈风猛，往船如箭，飞埃绝烂，烧尽北船，延及岸边营柴。瑜等率轻锐寻继其后，雷鼓大进，北军大坏，曹公退走。”可见当时的惨状。

三是曹操军队在战争中感染了传染病，这一点在诸多关于赤壁之战的分析中往往没有给予足够的重视，事实上这一细节给曹操带来了致命的打击。据《三国志》记载，曹操部队到达南方后，由于水土不服，很快就出现呕吐疾病等现象，曹操没有过多的重视这件事情，面是继续坚持对孙刘联军做战。《三国志·周瑜传》云:“权遂遣瑜及程普等与备并力逆曹公，遇于赤壁。时曹公军众已有疾病，初一交战，公军败退，引次江北。”可见，孙刘联军准备停当，合力与曹操决战，但第一次交手曹军就遭败北，而这其中曹操军队已有疾病是主要原因，于曹军只好退回江北，驻扎下来。《三国志·武帝纪》记载:“公至赤壁，与备战不利。于是大疫，吏士多死者，乃引军还。”可见在曹操参与赤壁之战的过程中，疾病一直伴随着曹操的部队，让曹军发挥不出水平，战斗力大打折扣，而且很多士兵不仅病了，还死了不少，这就更说明这次疾疫是这次失败的重要原因。在《三国志·先主传》、《吴主传》等篇章中，这种疾病困扰的记载也有很多。