明代，女真族在东北地区兴起，1616年努尔哈赤统一女真诸部，建立大金国，史称后金。努尔哈赤及其继承者，对蒙古各部采用武力征服和政治招抚等手段，臣服内外蒙，征服卫拉特，在蒙古地区建立了一整套统治新秩序。

后金国是清朝的前身，努尔哈赤的儿子皇太极于1636年改国号为清。清代蒙古史(古代部分)可分如下三个时期：

第一时期：1606年--1635年，这一时期大约30年。蒙古部始称努尔哈赤为汗，后金国建立，科尔沁等部归附后金。

第二时期：1636年--1757年，这一时期约120年。蒙古各部逐步归附清廷，从战乱逐渐走向安定，使经济逐步恢复，并且有了发展。

第三时期：1758年--1840年，这一时期约80年。蒙古社会较为安定，多种经济逐步形成，同时清朝对蒙古地区的统治加强和巩固。

第二和第三两个时期，是清代蒙古史的重点；就其地域而言主要是内蒙古、外蒙古和新疆、青海等地区的蒙古各部落所居地区。